中国当局は、1959年からインドに亡命しているダライ・ラマ法王を、チベットの中国から分離をたくらむ勢力の首謀者であるとし、チベット仏教を信仰することはダライ・ラマ法王の分離活動を支持するものであるとしている。このため、多数の僧や尼僧が、「分離主義者」の容疑で、日常的に投獄され続けている。2006年１月、チベット人僧侶ガンデン氏は、チベットの歴史と文化に関する講義の中で自分の意見を述べたとの理由で、懲役4年の刑を言い渡された。2006年6月、2人の尼僧を含む5人のチベット人が、チベット独立に関する冊子を発行し配布したとして拘留された。7月、独立運動の罪で、僧侶のナムカ・ギャルツェン氏が懲役8年の刑を宣告された。8月、武装した警官が、寺院の住職であったケンポ・ジェインパ氏を拘留。9月、別の僧侶ロブサン・パルデン氏が、「独立運動を指揮した」として有罪判決を受けた。9月30日には、中国人民警察軍が、国境を越えてネパールに亡命しようとした約40人のチベット人グループにむけて発砲し、17歳の尼僧ケルサン・ナムツォを殺害した他、その他数名も殺害した模様。目撃者の証言によれば、その際、チベット人グループの何人かはネパール側に逃亡したが、約10人の子ども達が中国軍の兵士によって近くの中国軍基地へと連行された。中国の国営通信である新華社通信は、「兵士らは、自衛のためにやむなく発砲した」と発表したが、その際に撮影された映像には、深い雪の中を一列に進むチベット人のグループに、兵士らがゆっくりと狙いを定め、遠方から狙撃した模様が映し出されていた。

チベット地域の経済発展計画とは裏腹に、2006年7月北京とラサをつなぐ青蔵鉄道が開通したことで、チベット人達の間には、チベット地域に流入してくる漢民族に対して経済的に太刀打ちできないのではないか、との懸念が急速に高まっている。